A KEB minden megindított eljárás során határozatot vagy végzést hoz. Etikai vétség megállapítása esetén a KEB az etikai vétség elkövetőjével szemben, különösen az etikai vétség súlyára, a Kódexszel ellentétes állapot időtartamára, az elkövetett etikai vétséggel elért előnyre, az etikailag kifogásolható magatartás felróhatóságára, az etikai eljárás alanyának az ügy felderítésében tanúsított magatartására, valamint az adott etikai vétség gyakoriságára figyelemmel az alábbi szankciók valamelyikét róhatja ki:

A KEB az etikai vétég elkövetőjét:

a) Írásban figyelmeztetheti;
b) felszólíthatja a cselekmény azonnali abbahagyására;
c) határidő tűzésével kötelezheti az ismertető/reklám anyag visszavonására, illetve a kiadott anyagok begyűjtésére, és a határozatban foglaltak végrehajtásáról szóló írásos beszámolónak a KEB részére történő megküldésére;
d) határidő tűzésével kötelezheti a kereskedelmi kommunikációban érintett Egészségügyi Szakembereknek címzett helyesbítő körlevél szétküldésére olyan etikai vétség esetén, amikor a megtévesztő kommunikáció a gyógyszer helytelen használatához vezethet, vagy a betegekre/fogyasztókra nézve bármiféle egyéb kockázatot eredményezhet;
e) kötelezheti a d) pont szerinti helyesbítő körlevél előzetes bemutatására.

Különösen súlyos etikai vétség esetén a KEB indítványozhatja az elmarasztalt tagvállalat gyógyszeripari szövetségi szervezeti tagságának ideiglenes felfüggesztését vagy kizárás folytán történő megszüntetését az arra illetékes szövetség elnökségén keresztül.

A KEB a hatáskörrel rendelkező hatósághoz fordulhat, vagy bejelentéssel élhet minden olyan esetben, amikor ennek feltételei fennállnak, így különösen amennyiben a Kódex személyi hatályán kívül eső Vállalattal összefüggésben jut tudomására etikai vétség elkövetésének gyanúja és az eljárást azért kell végzéssel megszüntetni, mert a bejelentésben érintett fél önként nem veti alá magát az eljárásnak, továbbá, ha az eset megítélése olyan eljárási cselekményeket követelne meg, melyek elvégzésére a KEB-nek nincs hatásköre.
A KEB érdemi döntései ellen fellebbezéssel lehet élni. Fellebbezés esetén a KEB döntéseinek felülvizsgálatát egy négytagú ad-hoc bizottság végzi.